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Editorial Cuvillier

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Editorial Cuvillier

De En Es
Detection of pathogenic infections in neurological disorders through recycling of gene expression data

Impresion
EUR 49,90

E-Book
EUR 29,90

Detection of pathogenic infections in neurological disorders through recycling of gene expression data (Tienda española)

Anna-Maria Liebhoff (Autor)

Previo

Lectura de prueba, PDF (470 KB)
Indice, PDF (55 KB)

ISBN-13 (Impresion) 9783736974098
ISBN-13 (E-Book) 9783736964099
Idioma Inglés
Numero de paginas 142
Laminacion de la cubierta mate
Edicion 1
Lugar de publicacion Göttingen
Lugar de la disertacion Hamburg
Fecha de publicacion 21.06.2021
Clasificacion simple Tesis doctoral
Area Informática
Biología
Genética
Microbiología y biotécnica
Bioquímica, biología molecular, tecnología genética
Palabras claves Bioinformatik, Bioinformatics, Genetik, Genetics, RNA Sequenzierung, RNA sequencing, Neurodegenerative Krankheiten, Neurodegenerative diseases, Metagenomik, metagenomics, Pathogene, Pathogens, Bakterien, Bacteria, Viren, Viruses, Small RNA, Small RNA, Genexpression, Gene expression, Datenbanksystem, Database system, Online Plattform, Web application, Maschinelles Lernen, Machine learning, algorithmen, Algorithm development, Medizin, Medicine, Systembiologie, Systems Biology, Data recycling, Data recycling, Biologische Proben, Biological samples, In silico, In silico, Blut-Hirn-Schranke, Blood-brain-barrier, Gehirn, brain, Parkinson’s, Parkinson’s disease, Ontologische Suche, Ontological search, Menschliche Gewebeproben, Human tissue samples, Mikrobiologie, microbiology, Frontotemporale Demenz, Frontotemporal dementia, Metadaten, Metadata, Biologische Ontologien, Biological ontologies, Differenzielle Expressionsanalyse, Differential expression analysis, Kraken, Kraken, SEA, SEA, Gewebespezifität, Tissue specificity, Analyse-Pipelines, Analysis pipelines, REST APIs, REST APIs, Random Forest, Random Forest, Datenwissenschaft, Data Science, Sets, Burkholderia Stabilis, Datenintegration, Data integration, Pathonoia, Hypothesengenerierung, Hypothesis generation, unkorrelierte Entscheidungsbäume, Alzheimer, komplementäre DNA, complementary DNA, Erreger, pathogens, mRNA Boten-RNA, mRNA messenger RNA
URL para pagina web externa https://www.uke.de/kliniken-institute/institute/medizinische-systembiologie/team/index.html
Descripcion

For increasing the knowledge about small RNA an online platform was built in this thesis, homogenizing the analysis of sequencing data from over 4,000 samples collected in different laboratories worldwide from various organisms. Consequentially, tissue and disease specific biomarkers were detected and evidence was found for bacterial and viral infections of the sequenced tissues. This motivated the development of an algorithm for analyzing non-host RNA sequencing reads for detecting pathogenic abundance in the host. Focusing on neurological diseases, bacterial presence is suggested in brains of dementia patients. The platform and the algorithm can help scientists to add important leads to their own studies.

In dieser Arbeit wurde eine Online-Plattform für small RNA entwickelt, die die Analyse der Sequenzierungsdaten von über 4.000 weltweit gewonnenen Proben verschiedener Organismen homogenisiert. Mit ihr wurden gewebe- und krankheitsspezifische Biomarker gefunden, sowie Hinweise auf bakterielle und virale Infektionen der sequenzierten Gewebe. Dies motivierte die Entwicklung eines Algorithmus für die Analyse von Nicht-Wirts-RNA-Sequenzierungsdaten zum Detektieren von Pathogenen. Bei einer Fokussierung auf neurologische Erkrankungen wurde bakterielle Präsenz im Gehirn von Demenzpatienten detektiert. Die Plattform und der Algorithmus können der Wissenschaft behilflich sein, neue Studien mit wichtigen Informationen zu verbessern.