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Cuvillier Verlag

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Detection of pathogenic infections in neurological disorders through recycling of gene expression data

Printausgabe
EUR 49,90

E-Book
EUR 29,90

Detection of pathogenic infections in neurological disorders through recycling of gene expression data

Anna-Maria Liebhoff (Autor)

Vorschau

Leseprobe, PDF (470 KB)
Inhaltsverzeichnis, PDF (55 KB)

ISBN-13 (Printausgabe) 9783736974098
ISBN-13 (E-Book) 9783736964099
Sprache Englisch
Seitenanzahl 142
Umschlagkaschierung matt
Auflage 1
Erscheinungsort Göttingen
Promotionsort Hamburg
Erscheinungsdatum 21.06.2021
Allgemeine Einordnung Dissertation
Fachbereiche Informatik
Biologie
Genetik
Mikrobiologie und Biotechnologie
Biochemie, Molekularbiologie, Gentechnologie
Schlagwörter Bioinformatik, Bioinformatics, Genetik, Genetics, RNA Sequenzierung, RNA sequencing, Neurodegenerative Krankheiten, Neurodegenerative diseases, Metagenomik, metagenomics, Pathogene, Pathogens, Bakterien, Bacteria, Viren, Viruses, Small RNA, Small RNA, Genexpression, Gene expression, Datenbanksystem, Database system, Online Plattform, Web application, Maschinelles Lernen, Machine learning, algorithmen, Algorithm development, Medizin, Medicine, Systembiologie, Systems Biology, Data recycling, Data recycling, Biologische Proben, Biological samples, In silico, In silico, Blut-Hirn-Schranke, Blood-brain-barrier, Gehirn, brain, Parkinson’s, Parkinson’s disease, Ontologische Suche, Ontological search, Menschliche Gewebeproben, Human tissue samples, Mikrobiologie, microbiology, Frontotemporale Demenz, Frontotemporal dementia, Metadaten, Metadata, Biologische Ontologien, Biological ontologies, Differenzielle Expressionsanalyse, Differential expression analysis, Kraken, Kraken, SEA, SEA, Gewebespezifität, Tissue specificity, Analyse-Pipelines, Analysis pipelines, REST APIs, REST APIs, Random Forest, Random Forest, Datenwissenschaft, Data Science, Sets, Burkholderia Stabilis, Datenintegration, Data integration, Pathonoia, Hypothesengenerierung, Hypothesis generation, unkorrelierte Entscheidungsbäume, Alzheimer, komplementäre DNA, complementary DNA, Erreger, pathogens, mRNA Boten-RNA, mRNA messenger RNA
URL zu externer Homepage https://www.uke.de/kliniken-institute/institute/medizinische-systembiologie/team/index.html
Beschreibung

For increasing the knowledge about small RNA an online platform was built in this thesis, homogenizing the analysis of sequencing data from over 4,000 samples collected in different laboratories worldwide from various organisms. Consequentially, tissue and disease specific biomarkers were detected and evidence was found for bacterial and viral infections of the sequenced tissues. This motivated the development of an algorithm for analyzing non-host RNA sequencing reads for detecting pathogenic abundance in the host. Focusing on neurological diseases, bacterial presence is suggested in brains of dementia patients. The platform and the algorithm can help scientists to add important leads to their own studies.

In dieser Arbeit wurde eine Online-Plattform für small RNA entwickelt, die die Analyse der Sequenzierungsdaten von über 4.000 weltweit gewonnenen Proben verschiedener Organismen homogenisiert. Mit ihr wurden gewebe- und krankheitsspezifische Biomarker gefunden, sowie Hinweise auf bakterielle und virale Infektionen der sequenzierten Gewebe. Dies motivierte die Entwicklung eines Algorithmus für die Analyse von Nicht-Wirts-RNA-Sequenzierungsdaten zum Detektieren von Pathogenen. Bei einer Fokussierung auf neurologische Erkrankungen wurde bakterielle Präsenz im Gehirn von Demenzpatienten detektiert. Die Plattform und der Algorithmus können der Wissenschaft behilflich sein, neue Studien mit wichtigen Informationen zu verbessern.