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Data driven classification of host-plant response (virus-plant)

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Data driven classification of host-plant response (virus-plant) (Volume 44) (English shop)

Steffen Pallarz (Author)

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ISBN-13 (Hard Copy) 9783736997318
ISBN-13 (eBook) 9783736987319
Language English
Page Number 124
Lamination of Cover matt
Edition 1.
Book Series Berliner ökophysiologische und phytomedizinische Schriften
Volume 44
Publication Place Göttingen
Place of Dissertation Berlin
Publication Date 2018-02-13
General Categorization Dissertation
Departments Informatics
Biology
Biochemistry, molecular biology, gene technology
Agricultural science
Keywords Phytomedicine, NGS, Diagnostics, Alignment-Free, Bioinformatics, Host Response, RNA-Sequence
Description

Im Angesicht unzähliger und stark veränderlicher Pathogene und Krankheitsbilder, die Nutzpflanzen auf der ganzen Welt betreffen, ist eine robuste und anpassungsfähige diagnostische Methode essential um Lebensmittelsicherheit und Samenqualität in einem globalisierten Markt zu garantieren. In dieser Arbeit werden innovative Techniken angewandt um hochgradig sensitive genetische Methoden mit schneller, robuster und einfach zu nutzender Bioinformatik zu verbinden. Es handelt sich um eine profilbasierte Klassifikationsmethode die in der Lage ist, viele Proben auf eine Vielzahl verschiedenster Pathogene gleichzeitig zu untersuchen und dabei kein tiefes Wissen über die zu Grunde liegenden, molekularen Hintergründe voraussetzt. Die komplexe Bioinformatik, die normalerweise mit einer NGS einhergeht, wird stark reduziert, was die Verwendung auf alltäglicher Hardware ermöglicht und dies auch für Personen die keinen Hintergrund in Bioinformatik haben. Diese Methode, die in der Lage ist, schnell genetische Proben auf eine Vielzahl von Krankheitsbildern und Pathogenen zu untersuchen, hat das Potential die diagnostische Landschaft grundlegend zu ändern.